Las diversas aplicaciones electrónicas de salud de la institución están interconectadas por medio de mecanismos estandarizados de interoperabilidad con un flujo de información constante que garantiza la complementariedad de los servicios, sin que los datos se contradigan o repitan. Todas estas aplicaciones funcionan en armonía con el sistema de información de la seguridad social, incluidas las prestaciones de invalidez, los servicios nacionales de salud y la arquitectura nacional de seguros de enfermedad.

La interoperabilidad de la eSalud cubre la interacción entre los sistemas institucionales, nacionales e internacionales.

Desde el principio, se adaptan estándares internacionales y sistemas de codificación establecidos. Los estándares internacionales HL7 guían el paquete de información y la comunicación entre dos partes, definen el idioma, la estructura y los tipos de datos para una integración perfecta entre sistemas. DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) es el estándar internacional para transmitir, almacenar, recuperar, imprimir, procesar y visualizar imágenes médicas. LOINC es el estándar universal para codificar mediciones, observaciones y documentos de salud. SNOMED CT es una nomenclatura sistematizada de términos clínicos. Todo ello permite a la institución integrarse en los servicios nacionales de salud y en los sistemas nacionales de seguro de enfermedad.