La sección de auditoría interna es la que realiza exámenes independientes y objetivos de todas las esferas de actividad de la institución y que verifica y certifica el acatamiento de todas las leyes, normas y reglamentaciones aplicables. El alcance de la tarea es extenso. Por medio de exámenes independientes y objetivos de las políticas, las actividades, los sistemas, los procedimientos, los controles internos, la gestión de riesgos, la gestión de la información, los sistemas de las TIC y los procesos de gobernanza, promueve un enfoque disciplinado de la administración global de la institución.

El Marco Internacional de Prácticas Profesionales (International Professional Practices Framework (IPPF)) del Instituto de Auditores Internos es el marco conceptual fiable que organiza y ofrece una orientación fiable a los auditores internos profesionales, incluidos los que ejercen en el campo de la seguridad social. Las cuatro directrices sobre este tema explican en detalle la función de auditoría interna, ya que está relacionada con la administración de la seguridad social y, en particular, con la comunicación entre el auditor interno y el actuario de la institución.